O edifício atual, onde esteve instalada a cadeia do Aljube, data do séc. XVIII. Após o terramoto de 1755, o plano pombalino de reconstrução da cidade implicou o alargamento para norte da antiga Rua Direita da Porta Travessa da Sé, obrigando à reedificação da Cadeia do Aljube, a qual exibe um escudo, ou seja, o brasão dos Castros, que sobrepuja a porta principal.
Segundo o investigador da História de Lisboa, Gomes de Brito, este brasão marca a reconstrução do edifício, no todo ou em parte, por iniciativa do Bispo do Porto, D. José de Castro, que o mandou ali colocar, à data do plano da nova cidade de Pombal.
No entanto, Luis Pastor de Macedo, no seu livro Lisboa de Lés a Lés, avança a possibilidade de que, durante o domínio árabe, teria existido uma cadeia em Lisboa, denominada "Aljobbe" ou "Alchub", instalada no edifício do Aljube ou em qualquer outro que antes deste tivesse sido edificado naquele local. Para este autor, e com base na investigação do já mencionado Gomes de Brito, parece credível aceitar-se a hipótese de que este cárcere do Aljube possa remontar aos primeiros tempos da Lisboa cristã, como local de punição para crimes do foro eclesiástico.
Por sua vez, em 1526, as Constituições do Arcebispado de Lisboa, publicadas em 1588, permitem verificar a existência do Aljube como tal, ao estabelecerem que as penas de prisão em matéria eclesiástica fossem cumpridas na referida cadeia. Em 1845, o Aljube foi destinado a prisão de mulheres, até à sua transferência para o Convento das Mónicas, tendo funcionado como cárcere de presos políticos, durante grande parte do período do Estado Novo. Em 1930, procurando modificar o aspeto das prisões, foram executadas obras de beneficiação no Aljube. Por fim, na década de 80, o Aljube foi reconvertido para a instalação do Instituto de Reinserção Social.
